In Wasserbetten kommen die unterschiedlichsten Heizsysteme zum Einsatz, wobei grundsätzlich zwischen der Folienheizung und der Keramikheizung unterschieden wird. Eingesetzt werden diese Heizsysteme in Softside Wasserbetten ebenso, wie in einem Wasserbett mit dem Hardside System. Die Folienheizungen, auch unter dem Begriff Mattenheizungen bekannt, sind die günstigere Variante für Wasserbetten. Sie werden einfach nur unter dem Wasserkern der Matratze ausgerollt und sind, wie alle anderen Heizungen für Wasserbetten, regulierbar.
So müssen sie nicht den ganzen Tag und die ganze Nacht heizen, sondern immer nur dann, wenn wirklich Wärme im Wasserbett benötigt wird. Die Leistung der Mattenheizungen sollte bei 300 Watt liegen. Zwar gelten Mattenheizungen als eine sehr zuverlässige Variante für die Beheizung von einem Wasserbett, wurden aber in den letzten Jahren so gut wie gar nicht weiterentwickelt, da die Keramikheizungen immer mehr Einsatz in Wasserbetten finden. Auch diese sind regulierbar und unter dem Wasserkern integriert. Die Heizungen in Wasserbetten werden elektronisch betrieben, wobei die Elektrostrahlung gering ist. Moderne Wasserbettheizungen sind mit einer Digitalanzeige und einem Computer ausgestattet.
Durch die Digitalanzeige kann man sich die Temperatur des Wasserbettes anzeigen lassen und die Funktionen der Computersteuerung lassen sich über das Display leicht handhaben. Verfügt man über eine zweigeteilte Matratze in seinem Wasserbett, dann gibt es auch zwei unabhängig voneinander arbeitende Heizungen. So kann sich jeder Partner die Temperatur seines Wasserbettes einstellen, wie er sie am angenehmsten empfindet.